1、固体里的C、N、S
固体样品必须用锡杯包裹进行分析。满足目标重量的小样本，如叶片、部分的根、小昆虫等，可以封装整个锡杯中。较大的样品考虑到要具有代表性，如作物种子、植株、土壤或沉积物，通常需要干燥，之后研磨和均质化，过100目筛。
由于不同类型的样品碳和氮的含量不同，因而重量不同，根据样品的种类确定所需包样的重量。通常每个样品的氮的含量为20-150微克之间，碳的含量200-2000μg之间。
2、气体样品
CO2样品采用12ml顶空进样瓶（Labco顶空瓶）保存与送样即可，空气中的N2O与甲烷可用100ml顶空瓶或气袋储存与送样。
3、水样
用于H、O同位素测定的水样的标准体积是1-1.4毫升，可用2毫升GC小瓶送样。小瓶用透明胶带和记号笔标签瓶。样品应保持冷藏和长期储存在黑暗环境中。用于水中硝酸盐测定的样品用20顶空瓶或者塑料小瓶送样，不接受与升汞（HgCl2的）保存的样品。
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